Выскажу всего лишь предположения по этому поводу:
1). Руководство рекомендует выполнить проверку зазора тяги переключения МКП:
http://xonda-civik.narod.ru/R00/HTML...601MART00.HTML
Тяга переключения находится внутри специального корпуса:
http://xonda-civik.narod.ru/R00/HTML...091MFRT00.HTML
2). Я бы визуально проверил перемещение всех деталей этого механизма (от рычага которым мы манипулируем, переключая передачи до тяги) во время переключений, дабы попытаться обнаружить некорректность. Для этого необходимо обеспечить максимальную обзорность механизма.