позавчера разобрал коробку S40 для замены сальника и подшипников первичного вала (сильно гудело), после сборки 1,2 и зад. передачи включаются отлично, а когда включаю третью то рычаг кпп дёргается в такт педали газа ,4 хрустит либо ток нажав на газ её выбивает ,а пятая как нейтраль. Лишних зап частей не осталось, масло в коробке хонда МТФ, подушки двигателя и прочая хня на месте. Ну и 3 дня назад (до моего вмешательства) коробас кроме гула подшипника был в наичудейснейшем состоянии.
У меня ток одна догадка когда собирал то возможно поставил второй подшипник (дальний от двига) наоборот маркировкой вовнутрь.
Выдвигайте версии пожалуйста. Повторное вскрытие неизбежно! )))

вилки переключения передач неправильно собрал

Их неправильно не поставишь,иначе тупо коробку не закроешь. (версия отпадает)