Греется штатная магнитола, причем ее температура предполагаю градусов 35-40. Где искать, где копать? Греется во включенном состоянии, режим работы печки на нее не влияет.

Это нормально.

т.е. разница температуры магнитолы и остальной панели существенная...

Не парься. Греется у всех.