После разборки двигателя остались 2 гайки. Подскажите откуда

нет, эти гайки похоже для крепления чего-то пластикового типа кожуха, пыльника

гайки кожуха зубчатые должны быть.

если осталось что-то при сборке, значит правильно собрал))))) так всегда бывает)