Стоковую сохранять нет смысла (как я понимаю, она и так сохраняется в хондате при выполнении привязки к машине и возвращается при Return ECU to stock).
Имеющуюся хондатовскую калибровку - опять же через Online -> Download при подцепленном к машине кабеле.
Главное не перепутать её с калибровками, которые можно закачать/скачать в саму FlashPro для перепрошивок без ноутбука (доступ к ним в FlashPro -> Calibrations -> Primary/Secondary).